MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Helicobacter pylori SNT49 plasmid pHPSNT

Total Repeats: 68

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017380	T	8	8	19	26	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017380	CAAAT	2	10	27	36	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017380	CTTT	2	8	41	48	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017380	T	6	6	72	77	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017380	A	6	6	143	148	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017380	CTA	2	6	238	243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385227769
7	NC_017380	T	8	8	377	384	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017380	CAAAT	2	10	385	394	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017380	CTTT	2	8	399	406	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017380	T	6	6	430	435	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017380	A	6	6	501	506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017380	CTA	2	6	596	601	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017380	CAA	2	6	672	677	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017380	A	6	6	751	756	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017380	CTAAAA	2	12	760	771	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017380	GTT	2	6	800	805	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017380	TTA	2	6	807	812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017380	AAC	2	6	821	826	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017380	TGT	2	6	829	834	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017380	GC	4	8	854	861	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017380	CTT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017380	CTT	2	6	967	972	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227770
23	NC_017380	CTT	2	6	989	994	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227770
24	NC_017380	CTT	2	6	1011	1016	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227770
25	NC_017380	AACGA	2	10	1020	1029	60 %	0 %	20 %	20 %	385227770
26	NC_017380	CTT	2	6	1038	1043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227770
27	NC_017380	CTT	2	6	1064	1069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227770
28	NC_017380	AACGA	2	10	1073	1082	60 %	0 %	20 %	20 %	385227770
29	NC_017380	CTT	2	6	1091	1096	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227770
30	NC_017380	AACGA	2	10	1100	1109	60 %	0 %	20 %	20 %	385227770
31	NC_017380	CTT	2	6	1118	1123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227770
32	NC_017380	AACGA	2	10	1127	1136	60 %	0 %	20 %	20 %	385227770
33	NC_017380	CTT	2	6	1145	1150	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227770
34	NC_017380	GGA	2	6	1280	1285	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017380	AG	3	6	1287	1292	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017380	AGG	2	6	1307	1312	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017380	TTA	2	6	1328	1333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017380	TTA	2	6	1384	1389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017380	TAA	2	6	1424	1429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017380	TAT	2	6	1451	1456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017380	GAA	2	6	1567	1572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385227771
42	NC_017380	A	6	6	1594	1599	100 %	0 %	0 %	0 %	385227771
43	NC_017380	GAA	2	6	1600	1605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385227771
44	NC_017380	ACC	2	6	1654	1659	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385227771
45	NC_017380	TAG	2	6	1679	1684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385227771
46	NC_017380	ACC	2	6	1711	1716	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385227771
47	NC_017380	CAA	2	6	1722	1727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385227771
48	NC_017380	TCA	2	6	1895	1900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385227771
49	NC_017380	GAAACT	2	12	1945	1956	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385227771
50	NC_017380	ATTGA	2	10	1999	2008	40 %	40 %	20 %	0 %	385227771
51	NC_017380	CAA	2	6	2073	2078	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385227771
52	NC_017380	CTT	2	6	2099	2104	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385227771
53	NC_017380	CAA	2	6	2122	2127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385227771
54	NC_017380	A	6	6	2264	2269	100 %	0 %	0 %	0 %	385227771
55	NC_017380	A	7	7	2296	2302	100 %	0 %	0 %	0 %	385227771
56	NC_017380	A	6	6	2329	2334	100 %	0 %	0 %	0 %	385227771
57	NC_017380	AAACAA	2	12	2413	2424	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385227771
58	NC_017380	AAC	2	6	2476	2481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385227771
59	NC_017380	ACA	2	6	2564	2569	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385227771
60	NC_017380	ACA	2	6	2591	2596	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385227771
61	NC_017380	A	6	6	2725	2730	100 %	0 %	0 %	0 %	385227771
62	NC_017380	AGA	2	6	2742	2747	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385227771
63	NC_017380	CCA	2	6	2755	2760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385227771
64	NC_017380	ACGA	2	8	2776	2783	50 %	0 %	25 %	25 %	385227771
65	NC_017380	GAA	2	6	2991	2996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385227771
66	NC_017380	T	8	8	3032	3039	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017380	T	6	6	3080	3085	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017380	ACC	2	6	3088	3093	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.